Овраги ручья Черторый были настолько глубокими, что в народе поговаривали, будто их «сам черт рыл». По такой аналогии в топонимии слово «черт» нередко входило в названия трудных для преодоления географических объектов.
Исток расположен в районе Козьего болота (ныне Патриарший пруд). В первой половине XVII века на ручье стояла Чертольская слобода. Его воды наполняли ров у стены Белого города до устройства Никитского и Гоголевского бульваров.
По ручью Чероторый была названа близлежащая улица — современная Пречистенка еще до второй половины XVII века называлась Чертольской. Царь Алексей Михайлович ездил по ней к Новодевичьему монастырю, поэтому название, отсылающее к нечистой силе, в 1658 году поменяли на более богоугодное. Улицу переименовали в Пречистенку — в честь Смоленской иконы Пречистой Богоматери.
Уже в XIX веке название «черторой», согласно историку Ивану Снергиеву, относилось к быстрому потоку, прорывающему себе ложе. А спустя век в толковом словаре Владимира Даля приобрело характер географического апеллятива, не связанного с чертовщиной: на его страницах «чероторой» трактуется как «овраг, рытвина от воды».
Сам же ручей в конце XIX века был засыпан и заключен в подземную трубу в связи с ростом и перепланировкой города.